消費税について、教えてください。
これまで３０年以上、個人開業医として地域医療に携わってきましたが、このたび医療
法人として新たな一歩を踏み出すことにいたしました。
新しい法人に対しては、代表者である私が個人診療所を経営していた際に有していた資産など１３００万円の基金を拠出しております。
ところが、事務長から「資本金の額又は出資の金額が１０００万円以上だし、院長の個人診療所時代の課税売上も１０００万円以上ですから、初年度から消費税の課税事業者になるのでは」という指摘を受けました。
＜失敗のポイント＞
この法人のように基金を有する持分の定めのない社団医療法人の場合、基金の額は消費税法の定める「資本金の額又は出資の金額」には該当しません。
また、新たに設立された法人については基準期間が存在しないため、設立１期目及び２期目は原則として免税事業者となります。
＜正しい対応＞
これまでの出資持分ありの経過措置型医療法人と異なり、法人の事業年度開始の日における基金の額は「消費税法第１２条の２（基準期間がない法人の納税義務の免除の特例）に掲げる『資本金の額又は出資の金額』に該当しない」とされています。
したがって、基金の額が１０００万円未満であることが消費税免税事業者の必須条件ではなくなりました。
また、法人の「課税期間の基準期間（法人の場合は前々事業年度のこと）」における課税売上高が１０００万円以下である場合には、消費税の納税義務が免除されます。
新たに設立された法人については基準期間が存在しないため、設立１期目及び２期目は原則として免税事業者となります。（２期目移行は特定期間の課税売上高でも判定。）
なお、個人事業者がいわゆる法人成りにより、新規に法人を設立した場合には、個人当時の課税売上高はその法人の基準期間の課税売上高に含まれません。
＜税法等の解説＞
医療法人の消費税
平成１９年４月施行の改正医療法により、医療法人の非営利性の徹底の観点から、施行後に認可申請を行い、設立される社団医療法人は、出資持分のある医療法人は設立できない、とされました。
これにともない、持分の定めのない医療法人の活動の原資となる資金の調達手段として基金への拠出を募集することができることとされています。
事例の法人は、このような基金を有する持分の定めのない社団医療法人となります。
○ 新たに設立する医療法人の消費税—原則は免税事業者
新たに設立した法人が「課税期間の基準期間」における課税売上高が１０００万円以下
である場合には、消費税の納税義務が免除されます。
この基準期間とは、法人の場合は原則として前々事業年度のことをいいます。
したがって、新たに設立された法人のように基準期間がない場合には、原則として消費税の納税義務が免除されます。また、２期目移行は特定期間の課税売上高でも判定されます。
この場合で、個人事業者がいわゆる法人成りにより、新たに法人を設立したようなときは、個人当時の課税売上高はその法人の基準期間の課税売上高に含まれない、とされています。
これは、平成１９年４月施行の改正医療法により、医療法人の非営利性の徹底の観点から、施行後に認可申請を行い、設立される社団医療法人は、出資持分のある胃腸法人が設立できないこととされました。
これにともない、持分の定めのない医療法人の活動の原資となる資金の調達手段として基金への拠出を募集することができることとなりました。
持分の定めのない社団医療法人の事業年度開始の日における基金の額は、消費税法の定める「資本金の額又は出資の金額」に該当しませんので、１期目の消費税は免除されます。
【簡易課税】
課税期間の前々年又は前々事業年度の課税売上高が５０００万円以下で、簡易課税制度の適用を受ける旨の届出書（消費税簡易課税制度選択届出書）を事業年度開始の前日までに提出している法人は、実際の課税仕入れ等の税額を計算することなく、課税売上高から仕入控除税額の計算を行いことができる「簡易課税制度」の適用を受けることができます。
この制度は、仕入控除税額を課税売上高に対する税額の一定割合とするものです。この一定割合を「みなし仕入率」といい、事業の種類によって、みなし仕入率が異なります。
みなし仕入率
第一事業（卸売業）：９０％
第二種事業（小売業）：８０％
第三種事業（製造業等）：７０％
第四種事業（その他の事業）：６０％
第五種事業（サービス業等）：５０％
※ 医療法人の場合は、おおむね５０％となります。ただし、物品の販売等については８０％、不要な機器の売却は６０％と異なるみなし仕入率を適用することになります。
医療法人の場合、消費税の課税対象とならない社会保険診療などがあること、経費のう
ちに人件費など消費税の対象とならない金額の占める割合が大きいことなどから、喚起課税制度を選択する法人が多いようです。
○ 消費税のかかる取引、かからない取引
医療法人の場合、健康診断、自由診療などの消費税対象となる取引と、社会呆けに料や
労災など消費税の対象外の取引があります。
【消費税の対象とならないもの】
健康保険法・国民健康保険法・老人保健法などに基づいて行われる社会保険医療給付金、身体障害者福祉法・生活保護法などに基づいて行われる公費負担医療給付金、労働者災害補償保健法など基づいて行われる医療給付金、助産にかかる医療などの診療収入については消費税がかかりません。
【消費税の対象となるもの】
一方、予防接種委託料、診断書作成料、健康診断、人間ドッグなどの自由診療収入は消費税がかかる売上となります。また医業収入以外の収入についても、例えば自動販売機の売り上げ手数料、公衆電話の改修料金等の売上は消費税がかかります。その他、医療法人で使用していた固定資産を売却した場合の固定資産売却額などの、消費税の対象となります。
消費税は一般課税・簡易課税どちらの制度を利用するのが有利か、といった基本的な点も含めて、事前シミュレーションが重要です。そのためにも、どの取引が消費税課税対象となるのかは、きちんと確認しておきたいところです。
○ あえて設立初年度から課税事業者になる。
設備投資が多額にあった場合などは、免税事業者であっても課税事業者を選択すること
によって、消費税の還付を受けることができます。（課税仕入人が大きくなるためです。）
新たに事業を開始した法人が課税事業者になるには、その事業を開始した日の属する課税期間の末日までに提出すれば、その課税期間から課税事業者となります。
この届出書を提出した事業者は、事業廃止の場合を除き、原則として、課税選択によって納税義務者となった最初の課税期間を含めた２年間は免税事業者に戻ることは出来ません。
免税事業者である設立初年度から課税事業者になるかどうか、については慎重に考える必要があります。
○ 免税事業者である期間でも課税事業者に
平成２５年１月１日以後に開始する年又は事業年度については、基準期間の課税売上高
が１０００万円以下（または基準期間がない場合）であっても、特定期間の課税売上高が１０００万円を超えた場合、当課税期間から課税事業者となります。（特定期間とは、法人の場合原則としてその事業年度の前事業年度開始の日以後６ヶ月の期間をいいます。）
なお、課税売上高に代えて、給与等支払額の合計額により判定することもできます。
たとえ設立２年目の原則免税事業者の期間であっても、特定期間の課税売上高が１０００万円を超えそうな場合は、一般課税または簡易課税のどちらが有利かをシミュレーションしてあらかじめ届出を出しておくということも必要になってくるでしょう。
＜税理士からのＰＯＩＮＴ！＞
持分の定めのない社団医療法人の場合、原則として設立初年度の消費税は免税となります。ただし、多額の設備投資を行う場合や、特定期間の課税売上高が１０００万円を超える場合など、課税事業者になる可能性があることにも注意が必要です。消費税は将来的な事業計画も含め、どのやり方が有利なのか、事前に税理士等と相談し、シミュレーションすることがきわめて重要です。
